- 蔡長廷，〈日本對北亞史的研究歷程〉，臺北：國立政治大學民族學系博士論文，2015年。
- 蔡長廷，〈古代北亞遊牧民族遷徙與融合之研究―西元前三世紀至西元四世紀的烏桓〉，嘉義：國立嘉義大學史地學系碩士論文，2009年。
- 蔡長廷，〈北魏清河崔氏南祖房的發展─以清河東武城支與東清河鄃縣支的仕宦為例〉，《史地研究》2（2009年12月），頁41-63。第1作者。
- 蔡長廷、林昭慧，〈布袋鎮過溝的王爺信仰與族群〉，《嘉義研究》6（2012年9月），頁55-86。第1作者。
- 李明仁、蔡長廷，〈溪口鄉本廳大帝宮保生大帝分香與族群祖籍之研究〉，《嘉義研究》8（2013年9月），頁131-168。通訊作者。
- 李明仁、李孟勳、蔡長廷，〈二十年來雲嘉區域史研究之回顧與展望〉，《嘉義研究》9（2014年3月），頁1-66。通訊作者。
- 蔡長廷，〈內田吟風學術研究探析〉，《人文研究期刊》12（2014年12月），頁91-108。第1作者
- 李明仁、蔡長廷，〈雲林古坑鄉保生大帝信仰與祖籍之研究〉，《道濟群生研究案學術研討會論文集》（臺北：保安宮，2014年12月）。
- 林修澈、蔡長廷、周士煌、邵磊，〈滿鮮民族的民族認定及其民族體系〉，《民族學界》36（2015年10月），頁183-271。通訊作者。
- 李明仁、蔡長廷，〈老俠林武琛：日治時期保甲制的協力者〉，《嘉義研究》14（2016年9月），頁43-70。通訊作者。
- 李明仁、蔡長廷、林昭慧，〈雲林元長鄉保生大帝信仰與祖籍之研究〉，《嘉義研究》15（2017年3月），頁195-215。通訊作者。
- 蔡長廷，〈日本北亞史研究的回顧與評析〉，《民族學界》40（2017年10月），頁181-205。第1作者。
- 蔡長廷，〈幽并兩州烏桓的發展與變遷─以上谷烏桓為中心〉，《早期中國史研究》12（2020年12月）。第1作者。
- 蔡長廷，〈江上波夫如何以「騎馬遊牧民族」重構世界史、東亞史、日本史、世界史論述〉，《新史學》34卷1期（2023年3月）。第1作者。（已通過審查）
- 李明仁總編纂，蔡長廷編纂，《嘉義市志續編‧卷六‧人物志》（嘉義：嘉義市政府，2014），頁143-164。
- 李明仁總編纂，蔡長廷編纂，《新港奉天宮志續修‧第三篇‧廟宇組織》（嘉義：嘉義新港奉天宮，2020）。
- 蔡長廷，〈九世紀前的鐵勒─以《隋書‧鐵勒傳》開始的考察〉，收入鄭阿財、汪娟主編《張廣達先生九十華誕祝壽論文集》（臺北：新文豐，預計2021年出版），頁1081-1102。
- 蔡長廷總編纂、林慧如計劃主持，《麻園村史》（臺北：財團法人農村發展基金會，2022）。（此書第四篇〈產業變遷〉亦為蔡長廷撰寫）
- 蔡長廷，〈奉天宮在新港地區的社會功能〉，發表於嘉義大學臺灣文化研究中心主辦「第六屆嘉義研究學術研討會」（2010年10月）。
- 蔡長廷，〈日本學界對於中亞、內亞以及歐亞大陸概念：做為歷史分析概念的脈絡〉，發表於「「國家治理與民族認同」學術研討會」（2011年12月）。
- 李明仁、李孟勳、蔡長廷，〈二十年來雲嘉區域史研究之回顧與展望〉，發表於中央研究院臺灣史研究所、林本源中華文教基金會合辦「二十年來臺灣區域史的研究回顧學術研討會」（2013年9月）。
- 李明仁、蔡長廷，〈雲林古坑鄉保生大帝信仰與祖籍之研究〉發表於「大龍峒保安宮2014保生文化祭《道濟群生》研究案學術研討會」（2014年6月）。
- 蔡長廷，〈東漢至西晉時的幽州—烏桓的發展與變遷〉，發表於中國人民大學歷史學院主辦、北京大學中國古代史研究中心協辦「制度與權力──第八屆中國中古史青年學者國際會議」（2014年8月）。
- 李明仁、蔡長廷，〈嘉義三臺宮與林氏家史發展之研究〉，發表於嘉義大學臺灣文化研究中心主辦「第十屆「嘉義研究」國際學術研討會」（2014年10月）。
- 蔡長廷，〈日本中亞史研究的三階段─西域史、東西交涉史、乾燥亞洲史論〉，發表於臺灣歷史學會主辦「2015全國研究生歷史學論文發表會」（2015年4月）。
- 蔡長廷，〈日本中亞史的研究歷程─突厥斯坦、絲路史觀、南北共生〉，發表於臺灣歷史學會主辦「2016全國研究生歷史學論文發表會」（2016年4月）。
- 蔡長廷，〈一帶一路研究前史─日本東洋史研究的「漠北與南海」〉，發表於臺灣歷史學會主辦「走在歷史關鍵上的東亞國際學術研討會」（2017年8月）。
- 蔡長廷，〈西域南海史、日歐交涉史、東西交涉史—日本東洋史與國史的交匯〉，發表於「106年度教育部辦理補助人文及社會科學博士論文改寫專書暨編纂主題論文集計畫A類：博士論文改寫為學術專書論文發表會」（2018年6月）。
- 蔡長廷、李湘芸，〈嘉邑城隍廟家將社團之研究─以吉祥社為中心〉，發表於嘉義大學臺灣文化研究中心主辦「第十四屆「嘉義研究」國際學術研討會」（2018年10月）。
- 蔡長廷，〈考古學與滿蒙史的交會—大正至昭和初期的學術轉向〉，發表於「西方經驗與近代中日交流的思想連鎖」主題研究計畫主辦「西方經驗與中日交流的思想連鎖」2018工作坊（2018年12月）。
- 蔡長廷，〈考古學與滿鮮史的交會—大正至昭和初期的學術轉向〉，發表於中央研究院近代史研究所胡適研究群、蔣介石研究群合辦，「西方經驗與近代中日交流的思想連鎖」主題研究計畫、「國共兩黨的比較研究」主題研究計畫協辦「「現代中國的戰爭、政治與外交(十二)」工作坊（2019年3月）。
- 蔡長廷、胡思瑜，〈日治時期新港神明會如何運作─以四街祖媽會東順安為中心的分析〉，發表於嘉義大學臺灣文化研究中心主辦「嘉大百年暨第十五屆「嘉義研究」國際學術研討會」（2019年10月）。
- 蔡長廷、胡思瑜，〈日治時期的嘉義城隍廟與嘉義市經濟發展初探〉，發表於嘉義大學臺灣文化研究中心主辦「第十六屆「嘉義研究」國際學術研討會」（2020年10月）。
- 蔡長廷，〈對6世紀以來突厥神話的一些考察〉，發表於「2021臺灣人類學與民族學學會年會」之「「文明」視閾下的「自然聖境」與「宗教聖境」」場次（2021年9月）。
- 蔡長廷，〈日治新港基層社會網絡──以神明會為中心的探討〉，發表於嘉義大學臺灣文化研究中心主辦「第十七屆「嘉義研究」國際學術研討會」（2021年10月）。
- 翁汝儀、蔡長廷，〈八掌溪流域下游信仰探討──以義竹與鹽水為主〉，發表於嘉義大學臺灣文化研究中心主辦「第十七屆「嘉義研究」國際學術研討會」（2021年10月）。
- 蔡長廷，〈戦時中における遼金元清史の研究ー東亜研究所の「異民族支那統治」委託事業案を中心に〉，發表於東洋文庫氣賀澤保規主持，「内陸アジア出土古文献研究会」例會（2022年12月）。
- 蔡長廷，〈戦時中における遼金元清史の研究ー東亜研究所の「異民族支那統治」委託事業案を中心に〉，發表於東京大學東洋史學科吉澤誠一郎ゼミ（2022年12月）。
- 塚本善也著、蔡長廷譯，〈高一生研究劄記（一）〉，《嘉義縣文獻》35（2010年7月），頁153-166。
- 杉野嘉助編纂、蔡長廷譯，〈臺灣糖業年鑑(昭和五年版)第二編第四章〈臺灣島甘蔗農業的發達〉〉，《嘉義縣文獻》35（2010年7月），頁100-106。
- 三崎良章著、蔡長廷譯，〈日本的五胡十六國研究〉，《早期中國史研究》2卷2期（2010年12月），頁185-201。
- 塚本善也著、蔡長廷譯，〈高一生研究劄記（二）〉，《嘉義縣文獻》36（2011年12月），頁122-130。
- 小熊英二著；江佳潔、蔡長廷翻譯，《「日本人」的國境界：從沖繩、愛奴、臺灣、朝鮮的殖民地統治到回歸運動》第20章〈「祖國日本」的意義〉（臺北：稻鄉出版社，2013年）。
- 塚本善也著、蔡長廷譯，〈高一生研究劄記（三、四）〉，《嘉義縣文獻》第39期（2017年7月），頁116-132。
- 塚本善也著，李宜潔、蔡長廷合譯，〈高一生研究劄記（五、六）〉，《嘉義縣文獻》第40期（2018年10月），頁165-180。
- 加藤修弘、蔡長廷譯，〈遼朝北面的統治機構――以著帳官與節度使為中心〉，《早期中國史研究》13卷（2021年12月），頁201-334。
- 蔡長廷，〈《東洋學の系譜》介紹》〉，《民族學界》31（2013年4月），頁347-356。
- 蔡長廷，〈評三崎良章著，《五胡十六國の基礎的研究》東京：汲古書院，2006年〉，《人文研究期刊》11（2013年12月），頁87-97。
- 蔡長廷，〈評川本芳昭，《東アジア古代における諸民族と国家》[(東京：汲古書院，2016)]〉，《新史學》28卷4期（2017年12月），頁193-202。
- 蔡長廷，〈馬世嘉（Matthew W. Mosca）著，羅盛吉譯，《破譯邊疆・破解帝國：印度問題與清代中國的地緣政治的轉型》新北：臺灣商務印書館，2019。511頁。〉，《中央研究院近代史研究所集刊》112期(2021年6月)，頁161-168。